Declarado Patrimonio Cultural de la Humanidad por la Unesco en 1983, fue mandado erigir por el rey Manuel en la playa de Restelo, junto al lugar donde el infante D. Henrique había mandado levantar la ermita de Nossa Senhora da Estrela, protectora de los mareantes,  y confiado a la orden de San Jerónimo. La obra se inició en 1501/1502 bajo la dirección de Diogo Boitaca que proyectó la iglesia, el claustro y parte de la portada principal. En esta portada, obra de Nicolás de Chanterenne, se encuentran las imágenes orantes de Manuel I y de su segunda mujer, la reina Maria. En la fachada sur, orientada hacia la antigua playa de Belém, otra portada magnífica ejecutada por João de Castilho presenta, entre las puertas, la imagen del gran impulsor de los Descubrimientos, el infante D. Henrique. 

Panteón real de la dinastía Avis-Beja, máximo símbolo de la arquitectura religiosa manuelina, el Monasterio de Santa Maria de Belém es un himno excepcional a uno de los momentos cumbre de la historia de Portugal. El interior de la iglesia, dividido en tres naves cubiertas por una única bóveda de crucería, obra magistral de João de Castilho, culmina en la Capilla Mayor, de Jerónimo de Ruão, mandada construir por D. Catarina. Allí se encuentran las tumbas del rey Manuel I y de D. Maria, y de João II y D. Catarina, apoyadas sobre elefantes de mármol.

A la entrada de la iglesia, bajo el coro alto, están las tumbas de Vasco da Gama y Luis de Camões, trasladados hasta aquí en el siglo XIX.

El magnífico claustro de dos plantas abovedadas y profusamente ornamentado, combina símbolos religiosos (elementos de la Pasión de Cristo, entre otros), reales (cruz de la Orden Militar de Cristo, esfera armilar, escudo real) y elementos naturalistas (cuerdas y motivos vegetales que cohabitan con un imaginario aun medieval, de animales fantásticos).