Foi fundado em 12 de julho de 1863 por decreto real de D. Luís I, com o objetivo de se constituir uma coleção de testemunhos com a atividade Marítima Portuguesa. Depois de ter funcionado no antigo Arsenal de Marinha e no palácio do Conde Farrobo, em Sete Rios, o museu está desde 15 de agosto de 1962 localizado na ala poente do Mosteiro dos Jerónimos, junto do qual se construiu um amplo pavilhão para exposição das galeotas. 

O Museu de Marinha conta atualmente com mais de 17.000 peças de acervo, proporcionando uma viagem de mais de 900 anos de história marítima Portuguesa. Aqui poderá reviver a epopeia dos Descobrimentos, através de uma notável coleção de modelos de navios à vela dos séculos XVI ao XIX, assim como peças únicas da época e a maior coleção de astrolábios. Poderá ver também como viviam os reis nos seus aposentos, no último iate Real Português, Amélia IV que pertenceu ao Rei D. Carlos e a bordo do qual o monarca realizou as suas últimas campanhas oceanográficas. A não perder no Pavilhão das Galeotas, os Bergantins reais e o hidroavião de Gago Coutinho e Sacadura Cabral que uniu Portugal e Brasil.