Está integrado en el complejo monumental del Monasterio de los Jerónimos. Fue creado mediante Real Decreto de 1893, y concebido por José Leite de Vasconcelos como Museo Nacional para contar la historia del “Hombre Portugués”. Reúne para ello los vestigios “del pasado arqueológico y del presente etnográfico”.
Actualmente conserva y expone bienes culturales procedentes de más de 3.000 sitios arqueológicos, que ilustran medio millón de años de ocupación de todo el territorio nacional. Es el museo que alberga el mayor número de bienes catalogados como “Tesoros Nacionales”. Exhibe permanentemente la colección más numerosa de Antigüedades Egipcias en Portugal y la más importante colección de orfebrería arcaica de Portugal, ambas de ineludible relevancia patrimonial nacional e internacional.
El Museo también es un centro de producción de conocimiento, en estrecha articulación con la comunidad científica ligada a las universidades divulgando, en asociación con la INCM, diversos estudios en el área de la Arqueología y en torno a las colecciones y la programación de excelencia que el Museo viene ofreciendo progresivamente al público. La revista “O Arqueólogo Português”, fundada en 1895, y los catálogos de las exposiciones temporales constituyen referentes de lecturas en este campo.