Apadrinado por el rey Pedro V, fue construido en la Tapada de Ajuda, tomando como referencia una infraestructura científica semejante existente en S. Petersburgo, Rusia. El Observatorio Astronómico de Ajuda fue uno de los más importantes de su época. La construcción se inició en 1861 y entró en funciones seis años más tarde. Conserva en funcionamiento todos los instrumentos de observación originales, siendo por ello caso único en el mundo. En 1919 participó en una experiencia que pasó a la historia, en la que participaron varios equipos de científicos que observaban un eclipse (en S. Tomé y Príncipe y en Brasil) para comprobar la validez de la teoría de la relatividad de Einstein.